第二集中，尼
&奥（基努·里维&<斯 ,`Ke&anu -Reeves 饰）没;^@有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于;-昏! #"迷，思<想却被困在介于“母&^=体”和真实世界的中间地带;，这个地方\]由“火车人.-”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 L ?aurence F]>^i>%(sh[burne . ']饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫>斯_-#? Car+.rie-*[An@&ne Moss 饰）等人知/'道了尼奥的情况，在\(@
守护天使的带^=领下>， 找(_到了“火车人”的- 控制^(@者`梅罗纹奇)，经过 一番激+斗，将](尼奥救^了$\出来.\>。
　　此
"时，电子\=.乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻(击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵^;抗，形势危>[在旦夕；尼奥和崔妮蒂/驾驶了一艘飞船克服重=)重困难，\到达+\&机器城市，尼奥终于见到了机器:*世界'的统治者%=(#“机器大帝\'” ，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母&(体”控制的史密斯，以换取锡安的("(和平。
　#\=　))在“母体”中，尼奥 和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗...