199:'( 9年，某)%!个:东西被卡车运出了 馆山市。几天)后，]哥斯拉登陆了馆山，=@特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家(%城茜;!（釈由美 子 饰）(意`_:;外

害_死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并=%+\&被派去了资料科(:。　　另一方面，%日^_@ :本政府在柘<植真智子首)相（水野\久美 饰）的指挥下，召集了 汤原德光（宅麻伸 饰）等科学家开始研究对付$.哥斯拉的/+G兵器。他们以在馆山冲挖掘出!来的[!_初代哥)!斯拉骨骼:[为基<@础， 用了四>"年制成\了机械哥斯拉——3式机龙。柘植?首!.<相:[辞职，由科学技 #术厅:/;长官五?十岚隼人（中尾彬 _@饰）就任新首相。同时，茜被<"派去了机龙队，担任机龙的操作员。　　就在准 ._备机龙测试!机动时，哥斯拉)_&又在东京湾;(出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战，却因哥斯拉的吼声唤醒了体(!!内的野兽灵魂，突然暴走，在城市中/[<\造成了大破%!坏。　　为了改良机龙，汤原改变`了机龙DNA^$_计算机的碱.,\构造，使机( 龙不%会再受哥斯拉叫声`*的干 扰。但由<_于对再次暴走的担忧，五十岚迟@'迟不允许出动机龙。;>;　 *　哥斯拉再度出现在#[东京湾，一路无视特生自卫@.[队的攻击来到了*-品川，令*>城市变成了一片火/'海。面对如此情)#%景>^_，五十岚 终于同意+>让机龙_,出动。&,　　为了"打败哥斯拉，机龙被]送到了品川。茜也抱着必死的觉悟。机龙和茜的战斗就这样开始了。