漆黑的夜晚，#一名间谍悄然潜^*^\入日本警方某机^\$-构，盗走了记载着各国谍报机构+!#;重要\>数据的:绝密文件的绝密@数据。`日本@]警方和FBI探员赤井秀一（池田($秀一 配音）旋即与间谍展开[ ?追逐。最后，逃?)亡?者的车辆坠落悬崖。第二天，柯南（高山?南 配音）和伙伴们来到东,,都水族馆观:+?
光，结果发现一名受伤的美丽女子（天海佑希 `> 配音）。该女子"处于失\忆状态，身上的手机也破损无法使用。柯南等人答应要帮她恢复记忆，当%*他们
( 七嘴 八舌之际，藏<在暗处 ?!,的黑衣组>>!织成员
贝尔摩德（=小山茉
<美 配音）冷冷地":注视着这+一切。在相处 = 过程中，女子非凡的身手和"奇怪的言:-
%行举止让灰原哀（林原%^惠美 配音）对其真实身份产生怀疑。　　刚刚还一派祥和的水族馆，沉浸在快乐之中的]#人们，根本会想(#到随着那名神%
'秘?\女子技艺的恢复，自己马<(上就要.:%
被卷入>!黑暗组织的杀戮和混(\/ 乱"'之中……