21世纪%?初_，人=$],,类将)多@+)[\数人留在被哥斯拉蹂躏的地!,-球上 _，仅使被选中=*的人们乘上恒星间移民船·阿拉特拉姆，前往能够(:移居的“约定之地·τ星e$"”) 。但这一计%划失 败，人,类(只得再度返]回地球。而长距离亚空间航行#[所引发的时空" =歪曲，导致人类回到的地方变成了“两万年后的地球”。在这个地<>球，主人公·晴男等人在遭受哥斯拉袭击 -的同时>%，与;埃克西弗、比尔沙-尔德两种族的异星 #人共>]_同实^<行谋划了20年的.-“对(哥斯拉战术”，通(&过殊死.!#战斗成功击倒/了哥斯拉。\&&　　但喜悦并未持续多久，深藏>:&^地下的真正哥斯拉“哥斯拉·地球\,[
”现`身了。两万年间持续#成长生存<、身高300米、质量超过1!0万吨，!" $)在进化成+?"#这种姿态的?超巨"大哥斯拉压倒性的破坏力面前 ，晴男等人[#落花流水。　$　拯救了晴男的是被)视为人类的残存者“弗图亚'`,”之民，米亚娜。弗图亚是他们在这个地球首次遇到的人型生_\命种族。他们会!:[ 是+\(-人类的子孙吗—]—^。“弗图亚的神也被哥斯拉击破，如今只剩下卵< ]。挑战者: :、>抗争者[\，全部? 被\""火焰吞噬而消![失了”>?`面对这样的他们，晴男回应道“<这是以(&人类的双手夺
* 回地球的[*最后机会了”。　　另":一\?%方面，比尔沙尔德的指挥 '官·加尔格，注 意到弗图亚使用的箭头是由“自律思考金?属体·<纳米金;!属”?[-`所制造而欢喜: 。这 )'和<21世纪他们在富士山麓$作为“对哥斯拉决战兵器”`所开发、在启-动前遭到破坏的“机械哥斯拉”由同种物_(质所构成。这正是当时=的开发设备至今仍然残存的证明,$ ——。