自西元20XX年，人类从肯亚%/图+^尔卡纳湖的湖畔挖出了一个名叫索哈[尔(Zohar)的物体之后，便; 开始<对它进行研究，后来有人]"+重建出来所谓)*的“神之语言”，并建立电脑程式以\>&启动原始索哈尔，_+.进行和上位领域的U- @<DO(上位领域当/-\@中的红色波动存_!"在& />)连结的连-)`结实验，但很不@-幸%) '地，从上位领域流入下位领域的!;#""能量造成了事象变移，使地球(游戏:$中所谓的“失落耶路撒冷(_”)几乎完从];&从宇,宙中,$@“消失”，人类"! 因而/被迫逃亡，离开地+:`球。　　到了四千年多后，在故事^开+!始前十五@\的T.C.4753年， ."米尔奇亚行<)星(Miltia!^)爆发(了*[所谓的米尔奇亚冲突事件，在此次事件当中，米尔&= 奇亚&!\行星的人类疑'似遭到了格诺西斯#*)(Gnosis)的攻击，并在冲突事件后消失，但事件的真相却因为米尔奇亚的^(消(+失而不为人知。在[%事件后，启动原 始'索哈尔（后来人类制造'_出了十]`二具索哈尔模*拟体=， ]因此原有的索哈
,尔就被`=称之为原始索哈尔）所'?需的神之语言]"-、原始#
索哈^=($尔的_研究成果、米尔奇亚的U.M.N.座标等事物，都被封存在Y_?资料当中+，而)]]\Y资料又被封*"存'在百式观测用合成人(!;Relian)'M.O.M.O.的意识内，
然而! '这么做却引起了/*各方势力对=]候，当时最大的#*&企业贝克达公司以对抗格  诺/@西;"`斯侵扰的名义>@^，进行对'格诺西 ! 斯用战.斗兵器KOS-??MOS的
开发计划 %$，但和当时多使用)>$合成人(Rel"ian)与生$]" 化人@(Cyborg`)的情况所不同的\>";是，KOS-\M< !OS是个纯^]粹=$的机械制品。另一'.&方]面,@，在EPI开]始时，参与KOS/*-MOS开]发计划的)*.@贝克达公^>! 司第一开发局研究人员卯月紫苑，正乘着当时载有还 没正式启动的KOS-MOS的Wogl [!i.nde号太空船进行旅途([<。但(:\ 没想/
到其太空船却被冲著索哈尔而=,:来) 的格诺西斯所攻击，而KOS-MOS也在此时突然启动，<卯月紫苑因^&而被卷入一-
连串>(和格诺西$$斯及索哈尔有关的阴谋，以及会改变人类命运的事<.'"件当中*……