位于=东京西部的巨 :\大“<*[学园都市”。在总人口达 `230万人 $`'，其中 约8_成是学生的这座都市中，实施着超能\/力开发[]的特殊/]课程，学;:$_生们的" _能力.被给予 +从“+<# 无能力Level 0” $到“超.$能#.*#力Level 5”的*六阶段评价。　　高中生上条当麻，也是住在学园都市 >*的学生之一
]。他$/由于隐藏在右!手中的力量——只要$是<;异能之力,，就连神的加+护":都能消除的[,
“幻想]]杀手Imagine Breaker”，而被评.[价^^为名落孙*
山的“无能力”，过着充>满^不幸的人生。\"　`)*　而上条的;学生生活，$\由于暑假开始时从天而降的,/?纯白修女而发生了巨大的变化。自从:,,<与逃离“魔法” .`世界的她+——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件中。$统率学园都市的“_&,科学#”>方、与茵蒂克_(丝关联的“魔法”方，在惊险地解决双方事件的过程中>&/，他的\人际关系也逐步扩展。之:后，魔法一方的十字教最大宗派*([[罗`马正教，终于& -注意到/<_上条的>\存在……。　　如^同<,`呼应 魔!法方一般，科学方的学园都市也有所'^动 %作。但<>也有与逐渐开始'"对立+;的世界动向抗(争的人不断出现。那些通过与上条有所关联，而使命运大为改变的“英雄”们。　　他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的,:那[/样。　　科学与=魔法第三"次交织之时，故+<(>事将大]& :幅& 推进！！